Ngày 9 tháng 3 âm lịch năm Quý Tỵ (tức ngày 16 tháng 4 năm 1293) Trần Nhân Tông truyền ngôi cho Thái tử Trần Thuyên – tức Hoàng đế Trần Anh Tông – rồi lên làm Thái thượng hoàng. Anh Tông tặng vua cha tôn hiệu là Hiến Nghiêu Quang Thánh Thái Thượng Hoàng Đế (憲堯光聖太上皇帝).[91] Năm sau (1294), Thượng hoàng xuất gia tu Phật tại hành cung Vũ Lâm (Ninh Bình). Dựa trên dữ liệu từ Thánh đăng ngữ lục, tiến sĩ Lê Mạnh Thát phỏng đoán rằng Nhân Tông đã nhận được tâm ấn từ Tuệ Trung Thượng sĩ.[7] Bên cạnh đó, Nhân Tông vẫn tham gia cùng Anh Tông trị nước. Tháng 8 âm lịch năm 1294, quân Ai Lao xâm lấn Đại Việt lần hai và Thượng hoàng lại thân chinh đánh dẹp. Quân Việt do Nhân Tông chỉ huy đã đánh tan quân Ai Lao, đồng thời thu được nhiều tù binh và chiến lợi phẩm.[92][7] Nhân Tông cũng chủ trì tiếp phái bộ Lý Trọng Tân - Tiêu Phương Nhai của nhà Nguyên vào năm 1295 (trong dịp này Nhân Tông đã sáng tác bài Tiến sứ Bắc Lý Trọng Tân, Tiêu Phương Nhai – một trong hơn 30 bài thơ hiện còn lưu hành của ông).[93][7] Sau đó, tháng 2 âm lịch năm 1295 Thượng hoàng sai Nội viên ngoại lang Trần Khắc Dụng và Phạm Thảo qua Nguyên để thỉnh Đại tạng kinh. Thỉnh cầu này được Nguyên Thành Tông chấp thuận. Các bộ kinh do sứ bộ đem về được cất ở phủ Thiên Trường, ngoài ra Thượng hoàng sai in bản phó để lưu hành trong nước.[7][94][16]

Sơ tổ Trúc Lâm

Tháng 10 (âm lịch) năm 1299, Nhân Tông rời đến Yên Tử (Quảng Ninh), lấy pháp danh Hương Vân Đại Đầu đà (香雲大頭陀) và tu hành theo thập nhị đầu đà (mười hai điều khổ hạnh).[9] Ông còn có đạo hiệu là Trúc Lâm Đại Đầu đà (竹林大頭陀) hay Trúc Lâm Đại sĩ (竹林大士) và Giác hoàng Điều ngự (覺皇調御).[95][96] Tại Yên Tử, Điều ngự đã mở tịnh xá, thuyết giảng độ tăng, thâu nhận được khá nhiều đệ tử.[10] Vào thế kỷ XI – XIII, Phật giáo Đại Việt tồn tại chủ yếu dựa trên 3 dòng thiền Tì-ni-đa-lưu-chi, Thảo Đường và Vô Ngôn Thông. Điều ngự đã hợp nhất các tông phái này vào dòng thiền Trúc Lâm Yên Tử, còn gọi là Thiền phái Trúc Lâm.[97] Đây được xem là giáo hội thống nhất đầu tiên của đạo Phật tại Việt Nam.[98] Thiền phái Trúc Lâm vừa tiếp thu nền tảng Phật giáo Nam Á và thiền Đông Độ, vừa sử dụng các giá trị văn hóa Việt Nam và khuyến khích Phật tử cống hiến cho xã hội trên nền tảng Từ bi – Trí tuệ của Phật pháp.[8][97] Bản thân Điều ngự không chỉ an cư tại Yên Tử, mà đi thuyết pháp nhiều lần ở các chùa như Phổ Minh (Thiên Trường), Sùng Nghiêm (Chí Linh), Vĩnh Nghiêm (Lạng Giang) và Báo Ân – Siêu Loại (nay thuộc Gia Lâm, Hà Nội).[99] Ông cũng xây dựng nhiều tự viện và đi giáo hóa trong cả nước, kể cả ở thôn quê lẫn thành thị. Trên cương vị là thượng hoàng-thiền sư, ông đã dạy dân bài trừ các tập tục mê tín, dị đoan và tu dưỡng đức hạnh theo giáo pháp Thập thiện (mười điều thiện).[7][100][16][10] Ông vẫn góp ý cho một số vấn đề chính sự, đồng thời khuyên bảo Anh Tông từ bỏ rượu chè và cúng dường cho tăng chúng.[101][102][7][103]

Tháng 3 âm lịch năm 1301, Giác hoàng Điều ngự du hóa đến châu Bố Chính – một vùng đất địa đầu phía nam của Đại Việt – và dựng lên am Trì Kiến[10]. Từ Bố Chính, ông sang Chiêm Thành và ở lại đây gần một năm. Bài dẫn của Trần Quang Chỉ trong tranh Trúc Lâm đại sĩ xuất sơn đồ đã mô tả về chuyến đi này rằng: Có lúc ngài viễn du hóa độ cho các nước lân bang, phía nam đến tận Chiêm Thành, đã từng khất thực ở trong thành. Vua nước Chiêm Thành biết được điều đó, hết sức kính trọng thỉnh mời, dâng cúng trai lễ, sắp sẵn thuyền bè nghi trượng, thân hành tiễn ngài về nước..."[7] Cũng chính trong lần này, Điều ngự đã hứa gả con là công chúa Huyền Trân cho vua Chiêm là Chế Mân; để đáp lễ, Chế Mân xin nhượng hai châu Ô, Lý cho Đại Việt.[101][7] Hôn lễ giữa Huyền Trân với vua Chiêm được cử hành vào năm 1306. Vua Anh Tông sáp nhập hai châu Ô, Lý vào Đại Việt và đổi tên châu Ô thành châu Thuận, châu Lý thành châu Hóa.[104]

Sau cuộc vân du ở Chiêm Thành, Điều ngự về phủ Thiên Trường vào tháng 1 âm lịch năm 1303 để "mở hội Vô lượng pháp ở chùa Phổ Minh, bố thí vàng bạc tiền lụa để chẩn cấp dân nghèo trong nước và giảng kinh Giới thí" (theo Đại Việt Sử ký Toàn thư).[101] Năm 1304, Điều ngự đến kinh đô Thăng Long trong sự đón tiếp long trọng của Anh Tông cùng vương hầu, quan lại. Tất cả họ đều được trao tâm giới Bồ-tát tại gia.[9][10] Năm 1304, khi đang hoằng hóa tại huyện Nam Sách (Hải Dương), Điều ngự đã gặp và thu nhận Pháp Loa (Đồng Kiên Cương; 1284 – 1330) và làm đệ tử xuất gia. Sau đó ông đào tạo cho Pháp Loa trở thành người kế thừa thiền phái của mình.[105] Ngày 1 tháng 1 âm lịch năm 1308, Điều ngự chính thức công nhận Pháp Loa làm người nối pháp.[100] Lễ truyền đăng cho Pháp Loa được cử hành tại chùa Báo Ân-Siêu Loại và được tường thuật qua sách Tam Tổ thực lục (tờ 18b3-19a8) như sau:[3][10][105]

Trong cuốn Lịch sử Phật giáo Đàng Ngoài (xuất bản năm 1995), tác giả Nguyễn Hiền Đức nhận định buổi lễ này đã cho thấy " Trúc Lâm muốn rằng vua Anh Tông và các đại thần trong triều đình phải chánh thức tôn kính Pháp Loa như "bậc thầy" giống như tôn kính Trúc Lâm. Ngoài ra, Trúc Lâm cũng muốn cho biết rằng: Từ vua, triều thần cho đến tất cả chư Tăng Ni, Phật tử cả nước phải công nhận Pháp Loa là vị Tổ thứ hai, thay thế Trúc Lâm lãnh đạo Giáo hội Phật giáo thống nhất từ thời Trần, tức lãnh đạo phái thiền Trúc Lâm do Trúc Lâm Đầu Đà khai sáng.".[100] Sách Trần Nhân Tông toàn tập (xuất bản năm 2006) của tiến sĩ Lê Mạnh Thát còn có nhận xét rằng việc ban tặng "ngoại thư kinh sử" cho Pháp Loa chứng tỏ Điều ngự yêu cầu đệ tử phải biết kết hợp lý tưởng Bồ-tát của Phật pháp với lý tưởng trượng phu của thế gian.[3]

Tháng 11 âm lịch (tháng 12 dương lịch) năm 1308, Điều ngự Trần Nhân Tông viên tịch trên đỉnh Ngọa Vân (Yên Tử). Về ngày mất của Điều ngự, sách Đại Việt sử ký toàn thư chép là ngày 3 tháng 11 âm lịch năm Mậu Thân (tức ngày 16 tháng 12 năm 1308) trong khi Tam Tổ thực lục và Thánh đăng ngữ lục viết là ngày 1 tháng 11 âm lịch (tức ngày 14 tháng 12). Thánh đăng ngữ lục đã tường thuật về cuộc đối thoại cuối cùng giữa Điều ngự với thị giả Bảo Sát:[9][10]

Sách Đại Việt sử ký toàn thư cũng cung cấp một số chi tiết khác về sự qua đời của Trúc Lâm đại sĩ:[95]

Theo thiên Tổ linh định mệnh (Linh hồn của Tổ định ngôi) trong sách Nam Ông mộng lục của Hồ Nguyên Trừng – quan nhà Minh gốc Việt đầu thế kỷ XV, khi Trần Anh Tông cùng các vương tử nhận bọc xá-lợi của Điều ngự, một số hạt xá-lợi bay vào tay áo Hoàng tử Trần Mạnh, rồi tỏa ra ánh sáng. Khi được lấy ra, xá-lợi lại bay vào. Theo Hồ Nguyên Trừng, Anh Tông bấy giờ chưa có con với vợ đích, chỉ có Hoàng tử Mạnh là con người vợ thứ. Nhà vua định chờ sinh con đích rồi chọn người nối ngôi. Cho nên việc xá-lợi bay vào ống tay áo Mạnh có nghĩa anh linh Điều Ngự nhắc Anh Tông phải truyền ngôi cho Mạnh. Sau khi vua Anh Tông khấn rằng: "Đâu dám không phụng mệnh", xá-lợi mới không bay nữa. Anh Tông lập Trần Mạnh làm Hoàng thái tử, tức vua Trần Minh Tông sau này.[106][95]

Theo Thánh đăng ngữ lục và Tam tổ thực lục, xá lợi của Điều ngự được Anh Tông chia làm ba phần, tôn trí vào ba nơi: lăng Quy Đức (phủ Long Hưng), bảo tháp Huệ Quang tại chùa Hoa Yên (Yên Tử) và chùa Phổ Minh (Thiên Trường).[9][100] Đại Việt Sử ký Toàn thư còn kể, trước khi đưa về lăng Quy Đức, di hài Nhân Tông Điều ngự được quàn tạm ở điện Diên Hiền. Các quan và nhân dân đổ về cung điện rất đông, cho nên đến gần giờ rước, đoàn linh cữu vẫn chưa đi được. Vua Anh Tông sai Chi hậu thánh chưởng Trịnh Trọng Tử, chỉ huy các quân Hải khẩu và Hổ dực, tìm cách khiến đoàn người giãn ra. Trọng Tử bèn sai quân Hải khẩu, Hổ dực đến trước thềm Thiên Trì, ngồi theo hàng lối rồi hát khúc Long ngâm. Nhiều người nghe thấy, chạy đến xem, từ đấy đoàn linh cữu mới đi được về lăng Quy Đức. Tại đây, Điều ngự được hợp táng với vợ đầu là Khâm Từ Bảo Thánh Thái hoàng thái hậu.[107] Triều đình dâng ông miếu hiệu là Nhân Tông và thụy hiệu Pháp Thiên Sùng Đạo Ứng Thế Hóa Dân Long Từ Hiển Hiệu Thánh Văn Thần Võ Nguyên Minh Duệ Hiếu Hoàng Đế (法天崇道應世化民隆慈顯惠聖文神武元明睿孝皇帝).[107] Anh Tông còn dâng pháp hiệu Đại Thánh Trần Triều Trúc Lâm Đầu Đà Tĩnh Tuệ Giác Hoàng Điều Ngự Tổ Phật (大聖陳朝竹林頭陀靜慧覺皇調御祖佛), lại sai đắp hai pho tượng vàng thờ ông ở chùa Vân Yên (Yên Tử) và chùa Báo Ân (Siêu Loại).[9][100]

Sách Tam Tổ thực lục khi chép về thời kỳ Trần Minh Tông làm Thái thượng hoàng, có ghi nhận một phần xá-lợi của Nhân Tông đã được đưa vào bảo tháp Đại Thắng Tư Thiên (tháp trong khuôn viên chùa Báo Thiên, xây năm 1057 từ thời Lý Thánh Tông, nay không còn nữa). Từ phần xá-lợi này, tháng 11 âm lịch năm 1329, thiền sư Pháp Loa đem một số xá lợi về an trí trong tháp đá của viện Quỳnh Lâm (nay thuộc thị xã Đông Triều, Quảng Ninh).[103]

Trong bộ Lịch triều hiến chương loại chí, phần Văn tịch chí, danh sĩ thời Nguyễn Phan Huy Chú có nhận xét về nhà vua-tu sĩ Trần Nhân Tông:[108]